Fundada por un grupo de sacerdotes Franciscanos Croatas, abrió sus puertas un 6 de marzo de 1961 bajo el nombre Cardenal Luis Stepinac, Obispo y Mártir, con la intención de cumplir con la misión evangelizadora de la Iglesia y así mostrar como la fe y la razón van armónicamente encaminadas a la verdad.
La inauguración oficial se realizó con la presencia del Señor Obispo de Morón, Monseñor Miguel Raspanti; la esposa del Presidente de la Nación, Sra. Elena Faggionato de Frondizi y la esposa del Ministro de Educación, Sra. Trinidad de Mac Kay y la comunidad toda.
Poco tiempo después, un 10 de octubre de 1963, se lleva a cabo la bendición de la piedra fundamental del futuro edificio. Al año siguiente, comienza sus actividades el nivel Secundario-Comercial exclusivamente para varones, resultando este hecho un acontecimiento muy destacado en razón de la carencia de escuelas secundarias. El 26 de abril de ese mismo año se inaugura el nuevo edificio. El 9 de abril de 1967 se bendice la ampliación del nuevo edificio: se agrega un piso más.
El 8 de agosto del año siguiente se realiza la bendición de la piedra fundamental para la construcción del edificio destinado a la sección secundaria, en razón del elevado número de jóvenes que decidían forjar en sus aulas, su futuro.
Posteriormente, se abre la Sección Secundaria -con la misma especialidad- para atender a la formación cristiana de las niñas. Simultáneamente, con mucho esfuerzo, se crea el campo deportivo y al cumplir 10 años de vida, finalizan las obras de construcción del camino pavimentado interior y de los patios.
En el año 1981 se inaugura el edificio que contiene al gimnasio, buffet, aulas, dependencias de tesorería y central de computación.
En el año 1982 concluye la construcción del playón que hoy se encuentra frente al gimnasio, destinado principalmente a la realización de actividades físicas y deportivas de los alumnos de los distintos niveles.
El comienzo del Ciclo lectivo 1984 marca la apertura del Secundario en el Turno Tarde, con dos nuevas modalidades: Bachillerato con Orientación Docente y la Escuela Técnica con tecnicatura en electrónica.
El edificio del Jardín de Infantes se bendice e inaugura en el año 1987, en un solemne acto que contó con la presencia de supervisoras del nivel, ex directivos, directivos de otros niveles del Instituto y, fundamentalmente, con la del benefactor que posibilitó la concreción de la obra, Sr. Atilio Segno, a quien la Comunidad Franciscana le efectúo un merecido reconocimiento.
El año 1997 posibilita la concreción de otro proyecto institucional: la Educación del Adulto, a través de la implementación -en el Tumo Noche del Plan de Estudios S/Res.6321/95 "Bachillerato para Adultos - Orientación: Gestión y Administración".
Más de 50 años de Educación Integral